Пока же основные интересы Фрейда-ученого лежат в иной сфере. Известно, что при развитии плода млекопитающих миелинизация нервных волокон наступает в разные моменты в разных местах. Следовательно, время в какой-то степени является одним из инструментов для возникновения живых тканей, а изучение онтогенеза становится методом, с помощью которого изучаются структура и функции взрослого организма. В свете этого Фрейд начал изучать мозг котят, щенков и — конечно, посмертно — человеческих эмбрионов и младенцев. Именно онтогенетический анализ в применении к анатомии нервной системы станет основой психоанализа. Чтобы понять сложную структуру нервных волокон у взрослых особей, самый лучший метод — установить последовательные этапы их развития.

В то же время Фрейд проводил свои исследования, работая в неврологической клинике. Он стал весьма компетентным специалистом в этой области, сумел сформулировать точные смысловые определения, которые позволили ему ставить верные диагнозы, правильность которых была многократно подтверждена патолого-ана-томическими исследованиями после смерти пациентов. К тому же за это время Фрейд стал непререкаемым авторитетом в области детского церебрального паралича и автором первой книги по афазии, проблема которой очень остро стояла в ту пору в медицинское.

Преимущества его эволюционного подхода очевидны. Обычно различия афазических нарушений (то есть затруднений речи) объясняли различием локализаций повреждений в мозге. Фрейду эти объяснения виделись иллюзорными: он без церемоний критиковал подобные воззрения, что послужило причиной ухудшения отношений с его учителем и самым уважаемым оппонентом Мейнертом. Здесь впервые наиболее явно проявилась позиция Фрейда-исследователя — своеобразного одинокого вольного стрелка, бунтаря, нонконформиста. Эта роль, судя по всему, импонировала Фрейду даже вопреки боязни быть непонятым не только современниками, но и последователями.