Фрейд в течение трех или четырех лет систематически анализировал свои собственные сны, ведь в свете выдвинутой им гипотезы все имело смысл, который следовало объяснить. В данном случае Фрейд обратился к методу свободных ассоциаций: следовало рассмотреть одну деталь сна, потом дать полную свободу уму, воспринять любые мысли и ассоциации, появляющиеся в сознании, какими бы неприглядными, неприемлемыми и шокирующими они ни казались, и дойти таким образом до сути сна, до невысказанного желания, которое было выражено и трансформировано сном.

В глубине ассоциаций появляется самое тайное желание, в котором невозможно признаться: это сексуальное желание, которое влекло маленького мальчика к матери, а отец при этом был лишь досадным препятствием, соперником, которого надо устранить (самым радикальным образом ему желают смерти...). Именно это описал Софокл в «Царе Эдипе». Так родился знаменитый эдипов комплекс. Это исследование по самоанализу было включено Фрейдом в большой труд под названием «Толкование сновидений», опубликованный в 1900 г. (реально - в ноябре 1899 г., но издатель не смог устоять перед соблазном поставить на титуле дату, знаменующую начало нового века).

Параллельно Фрейд расширял свою клиентуру. Поскольку его интересы были уже широко известны, к нему направляли пациентов, с которыми не знали что делать: страдающих истерией, неврозами навязчивых состояний, фобиями, неврастениями и др.