Успех учения Дарвина был столь велик, что его идеи были применены в других областях научной мысли. Этим вихрем был подхвачен и Фрейд, и его исследования в сфере психоанализа во многом обязаны открытиям Дарвина.

В первую очередь идеи Дарвина были применены в области функциональной психологии, которая характеризуется преимущественной ориентацией на исследование приспособительных функций психики. Метод, выдвинутый Фрейдом, чрезвычайно прост: функции сложного, высокодифференцированного и высокоорганизованного организма становятся понятнее, если изучить их действие на простых организмах, стоящих на более низкой ступени эволюционного развития. И здесь на помощь тоже приходят исконно биологические термины — филогенез, изучающий развитие и смену одного вида живых организмов другими, и онтогенез — изучающий индивидуальное развитие особи, включая всю совокупность преобразований в живом организме на стадиях его роста от момента зарождения.

В то время (1866) Геккель выдвинул ставшее впоследствии знаменитым предположение о том, что онтогенез повторяет филогенез, то есть существует не только как гомологический ряд между последовательностью форм организации живого индивидуума в ходе его роста, но и в ряду видов живых существ, появившихся раньше, чем данный индивидуум. Сегодня эта гипотеза кажется весьма сомнительной, но тогда, не без участия Карла Клауса, ученика Геккеля и учителя Фрейда, она покорила будущего основателя психоанализа.